Với tư cách là người con gái lớn nhất của Edward IV, và việc không còn người thừa kế nam của dòng họ York, công chúa Elizabeth có quyền kế vị cao nhất cho ngai vàng nước Anh. Dù ban đầu Henry Tudor đã phải buộc tuyên thệ lấy bà vì lý do chính trị, song Henry muốn nhấn mạnh cuộc hôn nhân này sẽ thiết lập hòa bình giữa hai nhà, và làm yếu đi khả năng kế vị của những người thuộc dòng họ York khác[7]. Ông không muốn nhường quyền lực của mình với Elizabeth[8], vì vậy ông đã quyết định đăng quang ngay ngày 30 tháng 10 năm 1485, trước khi hôn lễ của cả hai diễn ra vào ngày 18 tháng 1 năm 1486 dưới sự chứng kiến của Thomas Bourchier tại Tu viện Westminster. Henry cũng xóa bỏ Titulus Regius được ban dưới thời Richard III nhằm hợp thức hóa thân phận của bà.

Ngày 20 tháng 9 năm 1486, đứa con trai đầu lòng của hai người, Arthur, Vương công xứ Wales, được sinh ra. Và vào ngày 25 tháng 11 năm 1487, Elizabeth xứ York được chính thức được phong làm Vương hậu nước Anh. Sau đó, bà hạ sinh liên tục thêm 6 người con, trong đó phải kể đến: Arthur xứ Wales, Margaret, Vương hậu xứ Scotland, Henry VIII của Anh và Mary Tudor, Vương hậu nước Pháp.

Dù là một cuộc hôn nhân chính trị ngay từ ban đầu, song các sử gia ghi nhận hai người có một cuộc sống hạnh phúc và hòa thuận cùng nhau[9].

Elizabeth khi là Vương hậu không xen nhiều vào việc chính trị, vì lẽ mẹ của Henry VII là Margaret Beaufort đã nắm quyền hành. Thay vào đó, Elizabeth thường dành nhiều thời gian cho con cái tại Cung điện Eltham. Bà được mô tả có tính cách hiền dịu và đối xử với kẻ hầu người hạ rất có chừng mực[10]. Năm 1502, tháng 8, Arthur, Vương công xứ Wales qua đời khi tuổi còn rất trẻ. Henry VII đã rất đau buồn vì chuyện này, Vương hậu Elizabeth được cho biết đã kiên cường gạt đi nỗi đau mất con và an ủi ông rất nhiều[11][12].

Năm 1503, ngày 2 tháng 2, Elizabeth hạ sinh đứa con cuối cùng, Katherine Tudor, nhưng đứa bé chết yểu sau đó vài ngày. Sang ngày 11 tháng 2, do hậu quả của bệnh hậu sản, Elizabeth qua đời khi 37 tuổi ngay ngày sinh nhật. Henry VII cùng các con đã thương tiếc bà rất nhiều. Theo một nguồn ghi nhận, Henry VII đã trốn đến một nơi yên tĩnh trong một thời gian, không ai dám đến gần ông[13]. Sau khi Elizabeth qua đời, Henry VII cũng trở bệnh nặng, và ngoại trừ mẹ ông là Phu nhân Margaret, không ai dám đến gần chăm sóc ông cả. Hằng năm, cứ đến ngày mất của bà, Henry VII đều làm lễ cầu siêu, thắp 100 cây nến và rung chuông nhà thờ để tưởng nhớ bà.